望京医院现拥有骨伤科、肾病科、脾胃病科、康复科4个国家临床重点专科;中医骨伤科学、中西医结合临床2个国家中医药管理局重点学科及筋伤治疗手法重点研究室;骨伤科、肾病科、脾胃病科、呼吸科、风湿病科、肿瘤科、康复科、临床药学科、重症医学科等9个国家中医药管理局重点专科;针灸科、妇科、护理3个北京市中医重点专科，骨伤科、儿科2个北京市中医诊疗中心，是国家中医药管理局骨伤重点专科协作组牵头单位。
经过二十年的建设，医院现已成为世界卫生组织传统医学合作中心;全国中医骨伤专业医疗中心;全国中医骨伤科远程医疗会诊中心;全国针灸临床研究中心北京分中心;全国中医应急临床基地;国家中医临床研究基地建设单位;国家中医药管理局中医诊疗模式创新试点单位;国家食品药品监督管理局药物临床试验机构;北京市中医类别全科医生规范化培训基地;北京市中医病理质控中心;北京市中医骨伤科特色诊疗中心;北京市首批基层医院康复治疗师培养和管理医院;北京中医药大学优秀临床实践基地;北京中医药大学望京临床医学院;天津中医药大学教学医院;吉林医药学院实习与就业基地;中国心电学会心电散点图技术培训中心。同时还是中华中医药学会骨伤分会和针刀分会、世界中医药学会联合会骨伤专业委员会、北京中医药学会骨伤科专业委员会挂靠单位;中华预防医学会肛肠病预防与控制专业委员会挂靠单位。
医院占地面积36286 m2，总建筑面积67705 m2，固定资产4.47亿元，编制床位1100张，开放床位743张。现设有脊柱一科、脊柱二科、创伤一科、骨伤综合科、关节一科、关节二科、关节三科、关节四科、外科、脑外科、心血管内科(内设CCU)、血管外科、呼吸科、肾病内分泌科、肛肠科、肿瘤科、妇科、脾胃病科、康复一科、康复二科(康复师治疗部)、风湿病科、、针灸(脑病科)、急诊科、重症医学科、口腔科、耳鼻喉科、眼科、儿科、皮肤科、特色诊疗部、体检部(治未病科)、手术麻醉科、血液中心、理疗科、社区卫生服务站、感染性疾病科等45个临床及医技科室。
医院在职员工1307人，高级职称148人(其中主任医师74人)、中级职称356人;卫生技术人员936人(医师360人，护理419人，药剂66人，其他卫生技术91人);在职人员中，医学博士学位42 人，医学硕士学位138 人;国务院政府津贴专家22人，国家级名老中医3人，国家级中医药传承博士后合作导师3人，北京市名老中医5人，中国中医科学院首席研究员2人、学科带头人7人，卫生部有突出贡献中青年专家3人，新世纪百千万国家级人选3人，获国家科学技术进步奖第一完成人2人;科学学位和临床专业学位博士研究生导师10人、硕士研究生导师31人，北京中医药大学八年制本硕连读导师22人;自2005年以来培养科学学位硕士133名，博士40名，博士后23名。
建院以来，截止到2016年底，获得国家“十五”攻关计划、“十一五”科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级课题63项;获得各级各类科研奖励67项，其中国家科学技术进步奖3项，北京市科学技术奖10项，学会奖22项;获国家专利56项，在核心期刊发表学术论文1914篇，主编出版著作123部。
望京医院将继续秉承“博爱、敬业、继承、创新”的院训，坚持“以人为本、以德济世、精益求精、弘扬中医”的办院宗旨，持续提高医院服务质量和整体管理水平，努力建设成为接轨国际标准，提供国际医疗服务质量的大型中医医院。