医院占地面积9.4万余平方米，建筑面积19.4万平方米，现有职工3200余人，其中研究生导师112人，高级专业技术人员389人，国家级和北京市级专业委员会主委、副主委及核心期刊主编、副主编共64人。医院开放床位1500张，日均门诊量10000人次，年均出院5.3万人次。北京友谊医院是首批北京市基本医疗保险A类定点医疗机构，全市患者均可来院参保就医，并能够为外宾和来自全国各地的患者提供服务。作为北京市干部保健基地，医院还承担着北京市及中央司局级以上8000多名医照人员、保健对象的医疗保健任务。
医院综合优势明显，专业特色突出，共有临床医技科室54个。消化胃肠、食管、肝胆胰疾病诊治，普外肝移植，泌尿系统疾病诊治和肾移植，肾内血液净化，热带病和寄生虫诊治以及中西医结合是医院的专业特色。2014年10月，医院被国家科技部、国家卫生计生委和中央军委后勤保障部卫生局认定为国家消化系统疾病临床医学研究中心依托单位。消化内科、临床护理、地方病(热带医学)、普通外科、重症医学科、检验科、病理科、老年医学等临床医学专业获批国家临床重点专科项目;医院设有北京市临床医学研究所、北京热带医学研究所、北京市中西医结合研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所;拥有消化疾病癌前病变、热带病防治研究、肝硬化转化医学、移植耐受与器官保护等四个北京市重点实验室。

2012年7月1日，北京友谊医院作为全国和北京市医药卫生改革综合试点单位，率先实现“两个分开、三个机制”的改革试点，即：管办分开、医药分开，法人治理机制改革、政府财政补偿机制改革和医保付费制度改革。为落实非首都功能疏解工作，2016年12月28日，北京友谊医院顺义院区举行奠基仪式。受北京市政府和平谷区卫计委、通州区卫计委的委托，北京友谊医院对平谷区医院和通州新华医院以“区办市管”为模式进行管理。2016年4月和2017年7月，北京友谊医院平谷医院和北京友谊医院新华医院先后挂牌。2017年4月8日，医院启动“医药分开”综合改革，坚持“医疗改革与提升医疗技术质量相结合，与改善患者就医感受相结合”。
多年来，医院通过不断加强人才工作和学科建设，优化就诊流程，提升医疗服务，使患者的就医体验持续改善，获得感不断增强。医院曾先后两次被授予全国先进基层党组织，曾获全国“三八”红旗集体、全国模范职工之家、首都劳动奖章等荣誉，多次被授予首都文明单位标兵等光荣称号。
建院65年来，医院得到了各级领导的支持鼓励与悉心指导，也牢记着党中央和老百姓的殷切希望与盈盈嘱托。在“仁爱博精”的院训精神指引下，医院始终坚持“全心全意为患者服务”，努力实现患者信任，职工幸福，医院发展和政府放心。未来，医院将以国家消化学科群为战略学科，整合现有国家临床重点专科项目、传统特色学科、有发展潜能的优势学科，发挥医院综合实力，创新驱动发展，努力把医院建设成为国家医学中心，形成职工共同追求的友谊梦，为首都医药卫生事业的发展做出新的更大的贡献。