医院目前核定床位1460张，临床科室设有普外科、肝胆外科、胸外科、骨科、疼痛康复科、泌尿外科、神经外科、介入科、ICU、消化内科、综合内科、呼吸内科、中医科、妇产科、肾内科、心内科、儿科、麻醉科、口腔科、耳鼻喉科、眼科、肝病科、肝胆内科、重症肝病科、感染与免疫科、感染科、结核科、内镜中心、血液净化中心、健康管理（体检）中心等；医疗辅助科室设有影像科、超声医学科、检验科、病理科、药剂科、功能检查科、营养室等。

 上海市公共卫生临床中心（原复旦大学附属中山医院南院体检中心）医疗特色明显。内设肝病临床中心，集肝病内科、肝胆外科、重症医学、介入、内镜、血液净化等专家团队为一体的多学科协作医疗，重症肝病、腹水回输、人工肝等肝病治疗为医疗特色科室；普外科在腹膜后软组织肿瘤手术和科研居国内前列；妇产科为上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市产科肝病监护中心；感染科为上海市艾滋病诊疗中心；中医科为国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室（临床基地）。结核病诊断和治疗为优势学科，结核外科和儿童结核诊治具有特色，设有临床和基础研究团队组成的结核病中心。医院拥有先进的医疗设备，如全数字血管造影机（DSA）、3.0T磁共振（MRI）、集成智能靶向定位机器人系统（ROBIO EX），数字化手术室、ECMO人工肺、MARS人工肝、320排X线电子计算机断层扫描装置（CT）、直接数字平板X线成像系统（DR）、手术影像导航系统、数字化乳腺X射线摄影系统、脑室摄像系统（脑室镜）、钬激光治疗仪（激光碎石系统）等。
  医学教育涵盖本科、硕士、博士学历学位教育，是WHO新发与再现传染病临床研究与培训中心、全国传染病医师进修教育培训基地、中国疾病预防控制中心艾滋病临床进修教育基地、上海市感染科专科医师规范化培训基地、妇产科学和传染病学加入复旦大学成为国家教育部重点学科、国家临床重点专科建设项目单位、上海市传染病重点学科建设单位之一，是上海市疾病控制中心临床基地。
上海市公共卫生临床中心（原复旦大学附属中山医院南院体检中心）拥有高水平的研究队伍和完备的科研平台。拥有国家级百千万人才、突出贡献中青年专家、上海市领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市浦江人才计划、上海市科技启明星计划、上海市中医领军人才等高水平临床和科研队伍。2016年科技影响力在传染病领域位居全国第三。拥有国内运行效率最高的生物安全三级实验室、国内医院系统中领先的动物实验平台，配有高速基因分析系统Illumina Nova-seq-6000、高通量基因测序仪Illumina Miniseq、全景组织细胞定量分析仪TissueFAXS200、高内涵细胞成像系统LEICA DMI8等一大批先进科研设备。研究平台为国内170多家临床、科研和制药企业等提供服务，多次获得上海市科技平台共享服务先进称号。医院内设上海市新发与再现传染病研究所、国家药物临床试验机构等研究机构，中国疾病预防控制中心徐建国院士工作站；与世界上主要的公共卫生科研机构保持广泛合作。