医院有国家教育部重点学科2个（肿瘤学、病理学）、国家临床重点专科3个（肿瘤科、病理科、中西医结合科），卫生部临床重点学科3个（乳腺癌、放射治疗、病理学）、教育部创新团队1个（乳腺癌的基础和临床研究）、上海市临床医学中心3个（肿瘤学、肿瘤放射治疗、乳腺癌）、上海市重中之重临床医学中心1个（上海市恶性肿瘤临床医学中心）、上海市重中之重临床重点学科1个（胸外科）、上海卫生重点学科1个（病理学）、上海市临床重点专科项目5个（肿瘤学、病理学、放射治疗学、妇科肿瘤学、胸部肿瘤学），同时也是上海市病理质控中心、放射治疗质控中心、肿瘤化疗质控中心和上海市抗癌协会挂靠单位。设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，拥有上海市乳腺肿瘤重点实验室、上海市分子影像探针工程技术研究中心和上海市胰腺肿瘤研究所，以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学病理研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学胰腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学前列腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学甲状腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学生物医学影像研究中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构，成立王红阳院士工作站，新建复旦大学附属肿瘤医院精准肿瘤中心，继续推进由国家疑难病症诊治能力提升工程项目。主办《中国癌症杂志》、《肿瘤影像学》、英文版《Journal of Radiation Oncology》3本学术期刊，以及《抗癌》科普杂志。同时，医院以肿瘤优势学科为依托，与第三方合作创办了一本英文学术期刊《Precision Cancer Medicine》，努力打造肿瘤精准医学期刊的高地。

2018年医院门诊量144.72万人次，住院8.49万人次，手术4.50万人次，出院者平均住院日5.36天，医院运营效率位居全国肿瘤专科医院前茅。医院在最新的“2017年度中国最佳医院综合排行榜”（2018年11月19日复旦大学医院管理研究所发布）中位列第28位，位居全国专科医院第一名，病理科连续八年排名全国第一，肿瘤学排名全国第二，另有胸外科、核医学、妇科、泌尿外科、普外科、超声医学共计6大学科获得提名。在2018年申康绩效数据中保持全市领先，其中甲状腺癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、卵巢癌、食管癌、结直肠癌共计7大病种名列第一，另有5个病种排名2-3位，3个病种排名4-5位。
2018年医院科教事业又取得新的进展。全年共发表SCI 篇370篇，总影响因子1705.58；科研立项大幅增长，全院共获得各级各渠道科研项目190项，经费总额9,380万元，其中国家自然科学基金共74个项目获得立项资助，包括重点项目2项，重点国际合作项目1项，重大研究计划1项，连续8年领跑全市专科医院（立项数在全市所有医院排行第6名）；获得2017年度上海市科技进步一等奖1项。共招收硕士研究生54名，博士研究生76名，博士后15名；毕业硕士47名，博士59名；规培招录83名，结业75名。

医院本着“构建内外关系、服务肿瘤患者、树立医院形象”的发展方向，把握原则，注重实效，不断加强对外合作，提高服务质量，扩大受益人群范围，充分发挥自身优势。2018年，医院主动对接长三角医疗网络，扩大分级诊疗与医联体建设，搭建了肿瘤防治医联体、病理诊断医联体、远程医疗协作网，积极促进医疗资源的纵向整合，为全国尤其长三角地区的肿瘤患者，提供同质化的优质专科医疗服务。努力实践国家“一带一路”战略部署，与埃及艾因·夏姆斯大学签署框架协议，扩大在病理人才培养、标本组织库建设和肝脏肿瘤治疗领域的合作；成为中国抗癌协会第二批“一带一路”国际肿瘤防治联合培训基地。此外，医院积极拓展国际间“姐妹机构”合作项目，为我院学科建设搭建优质的国际平台，进一步拓展国际联络并推进我院的国际声望。先后与美国德州安德森肿瘤中心、新加坡国立健保集团癌症中心、法国Gustave-Roussy肿瘤中心、日本金沢大学癌症研究所、意大利肿瘤研究中心、美国杜克大学肿瘤研究所、澳大利亚彼得麦卡勒姆癌症中心、加拿大玛嘉烈公主癌症中心、英国诺丁汉大学癌症科学中心等11所机构签署框架合作协议，形成伙伴关系，在医疗、科研、人才培养、患者国际转诊等方面进行深入的合作与交流。

在市领导的高度重视和关心下，在国家和本市相关部门的大力支持下，深入贯彻落实市委、市政府两院高度融合精神，上海市质子重离子医院暨复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心进入开业运营的第四年，我院继续在确保临床质量和安全的前提下，充分发挥质子重离子放疗对肿瘤的“定向爆破”优势，在临床经验、患者治疗数量积累的同时，不断优化收治流程、聚焦优势病种并进一步拓展粒子治疗适应证，使粒子患者收治效率逐步提高、重离子放疗比例进一步提升，质子重离子技术的临床转化成效可喜。目前总收治患者1733例，与国际同类机构开业后同期收治数相比，处于领先地位。下一阶段，我们将继续严守质子重离子放疗全过程的质量安全、持续关注患者的预后和生活质量，稳步实现“质”和“量”的双提升。

2019年，医院将响应时代号令、顺应民生需求、回应政策导向，以医院“十三五规划”为标引，以浦东院区开业为契机，以优化医疗服务为目标，打造肿瘤多学科诊疗新模式，努力建设“具有国际影响力的现代化、智能化的肿瘤预防、诊治和研究中心”。