医院有4个专家工作站和1个名医工作室：首都医科大学附属北京佑安医院郑加生专家工作站（肿瘤微创介入）、中国药科大学孔令义专家工作站（天然药物化学）、首都医科大学附属北京地坛医院成军专家工作站（肝病）、重庆医科大学附属第一医院郭述良专家工作站（呼吸）、上海公共卫生临床中心卢洪洲教授（团队）名医工作室（艾滋病）。
医院有省级重点专科5个（感染性疾病科、传染科、重症医学科、肝病科、老年病科）和培育项目1个（结核病科），市级重点专科4个（肝病科、结核病科、艾滋病科、重症医学科），设有3个昆明市市级研究中心（昆明市感染性疾病研究中心、昆明市肝病研究中心、昆明市结核病临床研究中心）、1个昆明市重点实验室（昆明市结核病重点实验室）、27个市级诊疗技术中心和3个科技创新团队，是昆明市“突发公共事件传染病医疗救治中心”。
 医院分为吴井、长坡两个院区，编制床位1200张。2020年职工总数1215人，卫技人员1105人，其中高级职称191人；硕导18人；硕博学历133人；省科技厅中青年学术和技术带头人后备人才1人；云南省卫健委医学医学领军人才2名、云南省卫健委医学医学学科带头人1人；云南省卫健委医学学科后备人才1人，昆明市科技局学术技术带头人2人，后备人才1人，昆明市春城人才计划“春城名医”7人，昆明市突出贡献专家2人，官渡区科技局学科带头人5人；昆明市卫健委“十百千”工程培养对象89人，其中国家级知名专家培养对象1人；省级知名专家培养对象12人；市级知名专家学科带头人培养对象19人；后备人选71人。  
 设有中西医结合结核病科、耐药与重症结核病科、综合结核病科、介入结核科、结核病临床检验中心、肝病综合科、肝病介入科、肝病免疫科、肝病消化科、性病与艾滋病科、感染性疾病及儿童传染科、重症医学科、关怀科、肿瘤科、骨科、普外科、胸外科、妇产科、麻醉科、呼吸与危重症医学科、心内科、内分泌科、综合内科、血液净化中心、介入导管室、预防保健与慢病管理中心、体检中心、检验科、医学影像科、超声功能科、药学部、公共实验室、营养科等临床及医技辅助科室。
 致力于建设国内一流的综合性传染病医院，为群众提供方便周到的人性化服务。医院业务范围辐射全省、周边省份和东南亚国家，近年来与美国斯坦福大学、瑞典隆德大学及泰国宋卡王子大学、越南国立肺科医院、柬埔寨马德望省立医院、印度尼西亚廖亚大学、缅甸卫生部国家结核项目办、老挝友谊医院等东南亚一带一路国家的专业机构开展了广泛的学术和技术交流，随着专业细分及学科交叉的不断深入，逐步形成了“精专科、强综合”的格局。
 2017年以来医院陆续加入了“北京结核病诊疗技术创新联盟”、“国家肿瘤微创治疗产业技术创新战略联盟”和“北京亚太肝病诊疗技术联盟”，在京昆医疗协作联盟的支持下成立了亚太肝病诊疗技术联盟云南省联盟、成为全国结核病医院联盟和北京结核病诊疗技术创新联盟医院，是西南结核病医院联盟的副主委单位，是全国首批上线的结核病互联网医院，是全国传染病医院管理创新学组的委员单位。电磁导航支气管镜、超声支气管镜针吸活检术（EBUS-TBNA）、呼吸ROSE快速诊断等新技术的应用提升了肺部结节的鉴别诊断及精准施治能力，结核病临床研究中心在耐多药结核的诊治、中西医结合肺内外结核的治疗、肺结核及结核并发症的介入治疗、骨关节结核的外科治疗等方面达到国内先进水平，可实现全年龄跨度、全身结核的一站式服务综合治疗。肝病临床研究中心在感染性肝病如乙肝、丙肝、戊肝等和非感染性肝病如自免肝、脂肪肝、药物肝损伤等诊疗方面处于省内领先水平，在“成军专家工作站”的指导下积极开展脂肪肝的研究及全程管理工作，具备丰富的人工肝治疗经验，开展了肝硬化及上消化道出血的内镜治疗，在“郑加生专家工作站”的指导下开展了肝癌与肺癌的微创介入消融手术，具备开展肝癌的肝动脉灌注栓塞、肝血管瘤灌注栓塞、经颈静脉肝内门体分流术、下腔静脉滤器植入等介入手术的能力。医院建立了HIV初筛和确证实验室，具备开展暴露前后预防、抗病毒治疗、机会性感染治疗、母婴阻断、HIV外科手术等完善的艾滋病诊疗体系。感染性疾病科对发热感染性疾病、中枢神经系统感染性疾病及虫媒传播疾病的诊疗水平省内领先。重症医学科对重症肺炎、休克、多器官功能衰竭、呼吸衰竭、肾功能衰竭、药物毒物中毒以及重症艾滋病、重症结核、急慢性肝衰竭、破伤风、脑炎等感染性危重症有丰富的救治经验。心内科/内分泌科建立了智慧化高血压诊疗中心，设立糖尿病专科护理小组，具备完善的糖尿病全程管理机制，可开展冠脉介入、心脏起搏、主动脉瘤腔内隔绝术等介入治疗。呼吸与危重症医学科在“郭述良专家工作站”的指导下，积极开展电磁导航支气管镜、EBUS-TBNA、ROSE等呼吸内镜介入诊疗技术，为患者的呼吸道疏通治堵。骨科在省内率先引入了SuperPATH微创人工髋关节置换术，开展创伤骨折、骨肿瘤、骨与脊柱关节结核手术，腹部外科开展腹腔镜术、肝叶切除术以及其他腹部结核手术，胸