阜阳市第二人民医院占地面积6.07万平方米，拥有固定资产3.6亿元，编制床位 1800 张，目前实际开放床位1400张，在职职工1367 人，其中正高级职称人员24名，副高级职称人员85名，中级职称专业技术人员376人，江淮名医2名，安徽医科大学硕士生导师7名，安徽医科大学和蚌埠医学院兼职教授、副教授76名，阜阳市专业技术拔尖人才9名，阜阳市卫生系统学术和技术带头人（含培养对象）11名，市委组织部高层次专业技术后备人才3名，“健康阜阳”高层次专业技术后备人才6名。

阜阳市第二人民医院传染病部分 设有呼吸与危重症医学科感染病区、结核病科、肝病科（三个病区）、感染科（三个病区）；阜阳市第二人民医院内科部分 设有呼吸与危重症医学科（综合病区和危重症病区）、肾脏病科、血液净化科、肿瘤内科、心血管内科（两个病区及干部病房）、中西医结合心血管科/神经内科、内分泌科、消化内科、全科医学科/老年病科/血液内科、重症医学科（ICU）内科病区；阜阳市第二人民医院外科部分 设有普通外科（两个病区）、心胸外科、神经外科、泌尿外科、泌尿男科、血管外科、骨科（两个病区）、妇科、产科、皮肤性病科、重症医学科（ICU）外科病区；其它临床学科设有儿科、新生儿科、急诊科（内科病区和外科病区）、耳鼻喉科、口腔科、眼科、康复医学科、高压氧科、麻醉科、手术室；阜阳市第二人民医院医技科室 设有 CT 室、磁共振室、放射科、介入诊疗中心、超声医学科、功能检查科、检验科、病理科、内镜诊疗中心等 52 个学科，以及健康体检中心一所。其中呼吸与危重症医学科、肝病科为安徽省“十二五”临床医学重点培育专科，肾脏病科、胸心外科分别为安徽省“十三五”医疗卫生重点培育专科和重点特色专科，呼吸与危重症医学科、肝病科和肾脏病科为阜阳市临床医学优先发展学科，心胸外科、结核病科、重症医学科、血液净化科、骨科为市级第五周期临床重点学科，普通外科、泌尿外科、心血管内科为市级第五周期临床重点培育专科。

阜阳市第二人民医院拥有日本东芝 64 排螺旋 CT、荷兰飞利浦 1.5T HP 磁共振、美国GEDR-XD摄片机、美国柯达CR-500数字化放射成像系统、日本岛津数字化多功能胃肠检查800mAX线机、美国GE 1000mA LCE+型数字减影血管造影机（大型C臂），德国西门子直线加速器、飞利浦IU-22型和HD－11型彩超、彩色多普勒数字化超声，日立生化流水线、雅培化学发光免疫流水线、SYSMEX血液细胞分析流水线、帝肯全自动免疫分析仪、美国BD流式细胞仪、CS-5100全自动血凝分析仪、梅里埃BACT-ALERT3D全自动血培养仪、梅里埃COMPACT全自动微生物鉴定药敏分析仪、BD-960分支杆菌培养鉴定仪、全自动核酸提取仪、爱尔兰NPB-840 型、西门子Servo-s型、Servo-I型等系列呼吸机，瑞典金宝 AK95S 型和日装机DBB-27、DBB-06S型系列血液透析机，德国费森尤斯 4008S 型、德国费森尤斯床边CRRT、金宝 AK200超滤 型和日装机DBB-7型血液透析滤过机、潘太克斯电子胃镜系统、肠镜和气管镜，日本奥林巴斯电子胃肠镜系统和气管镜、德国西门子体外生命支持系统、瑞士 EMS 气压弹道碎石机，德国狼牌腹腔镜、胸腔镜、胆道镜、宫腔镜、前列腺电切，高压氧舱、德国贝朗 CRRT 人工肝支持系统等一系列高新医疗设备。