重庆医科大学附属第二医院现有2个院区（渝中院区和江南院区），编制床位2580张，最大开放床位可到3500余张。年门诊量137.2万余人次，收治住院病人7.6万余人次。
重庆医科大学附属第二医院渝中院区位于重庆市渝中区临江路74号，坐落于重庆CBD中心——解放碑，占地 14.5亩。为“宽仁医院”原址，发展至今已有126年。
重庆医科大学附属第二医院江南院区位于重庆市南岸区天文大道288号（茶园新区），总建筑面积25万方，投资达十四亿。共有医疗综合楼、感染与肝病中心、科教楼、全科医生楼等4栋大楼。重庆医科大学附属第二医院江南院区将解决渝东南、渝东北群众就医困难的问题，改变重庆医疗资源分配不均的现状，带动整个重庆西部的发展。
重庆医科大学附属第二医院专业设置齐全，有43个临床和医技科室。重庆医科大学附属第二医院内科学（传染病）和神经病学为国家级重点学科，心血管内科、呼吸内科、肾病科(现更名为肾内科)、医学影像科（含放射科、超声科、核医学科）、感染病科为国家临床重点专科，妇产科、检验科、普外科（含肝胆外科、胃肠肛肠外科、血管疝腹壁外科、乳腺甲状腺外科）、老年科（现更名为老年病科）、消化内科、眼科为重庆市临床重点专科，中医康复科为国家中医药管理局“十二五”重点专科，中医脾胃病科为重庆市“十二五”中医重点专科。临床医学一级学科为省级重点学科，其覆盖的17个二级学科全部是省级重点学科；医学影像学、康复医学与理疗学、内科学（传染病学）和妇产科学为重庆市医学重点学科。有13个重庆市临床诊疗研究中心，10个重庆市医疗质量控制中心。
重庆医科大学附属第二医院拥有一大批学术技术造诣高、临床经验丰富的知名专家。有百千万人才工程国家级人才6人；享受国务院政府特殊津贴专家共29人；教育部“长江学者创新团队与发展计划”团队带头人2名；教育部跨世纪优秀人才2名，优秀人才支撑计划2名；全国“五一”劳动奖章获得者2名；全国“三八”红旗手1名；国家人事部及卫生部有突出贡献的中青年专家2名。重庆市第二届学术技术带头人18人、后备人选11人；重庆市“322重点人才工程”一层次人选2人，二层次人员5人；重庆市名中医1人；重庆市巴渝学者特聘教授3人。重庆市有突出贡献的中青年专家2人，振兴重庆争光贡献奖1人，中华医学会专科分会副主任委员3人，青年副主任委员3人。医院有一级学科博士学位授权点3个、硕士学位授权点5个；二级学科博士学位授权点20个、硕士学位授权点22个，是国家级住院医师规范化培训基地。博士生导师45名（在职）、硕士生导师220名（在职），设有临床医学博士后流动站，现有在院培养硕博研究生1000余名，住培学员300余名。
有感染性疾病分子生物学教育部重点实验室、超声分子影像重庆市重点实验室和重庆市生殖发育与干细胞治疗工程技术研究中心3家省部级研究平台，有重庆市感染病学和老年医学2家区域医学临床研究中心，是国家药物临床和医疗器械临床试验机构，下设14个专业组，是国家干细胞临床研究机构。近年来，年均获得各级各类纵向科研项目超过百项，其中国家自然科学基金项目超过30项/年，年均发表SCI论文近200篇，年年斩获重庆市科学技术二等以上科技奖励。2015年我院“超声分子显像与治疗基础研究”研究成果获得重庆市科学技术奖自然科学系列一等奖，2016年同年获得3项国家自然科学基金重点项目，2017年我院牵头的国家重大科技专项“乙型肝炎治愈的新策略新方法”课题获批立项，中央财政经费5805.56万元。2018年我院牵头的国家重点研发计划数字诊疗装备研发重点专项正式立项，中央财政经费资助1932万元。重庆医科大学附属第二医院还主办有《Journal of Clinical and Translational Hepatology》、《中华肝脏病杂志》和《临床超声医学杂志》杂志。
作为中国西部历史最悠久的医院之一，重庆医科大学附属第二医院将遵循习近平总书记“以人民为中心，以健康为根本”的健康观，恪守“克宽克仁、惟精惟一”的医院精神，“关怀、专注、创新”的医院理念，为全市和周边省市居民提供优质医疗卫生服务，开展医学研究，培养医学人才。全力将渝中院区打造成为高水平、创新型、特色化的重庆CBD标志性城市医院，江南院区打造成高水准、生态型、国际化医院，努力向国内一流医院的目标迈进！